Verschiedene Pilzarten sind für den Verzehr geeignet, z.B. Champignons, Steinpilze oder Shiitake. Unterschieden werden muss zwischen Wildpilzen, die in der freien Natur gepflückt werden, und Zuchtpilzen, die aus nahezu sterilen Kulturen stammen.
Speisepilze sind eiweiß- und ballaststoffreich und enthalten verschiedene Vitamine und Mineralien. Insgesamt sind sie jedoch relativ nährstoffarm und sollten daher nicht als Hauptnahrungsmittel dienen. Das in ihren Zellwänden enthaltene Chitin macht Pilze recht schwer verdaulich.
Pilze haben grundsätzlich die Eigenschaft, in ihren Fruchtkörpern Schwermetalle und Radionuklide zu speichern. Deshalb wurde beispielsweise nach dem Reaktorunglück in Tschernobyl jahrelang vom Pilzsammeln abgeraten. Inzwischen überschreiten in Deutschland gepflückte Pilze üblicherweise nicht mehr die Grenzwerte für Radioaktivität; allerdings muss angemerkt werden, dass diese Grenzwerte für Menschen festgelegt wurden und es keine entsprechenden Angaben für Nagetiere gibt.
Außer der möglichen Radioaktivität bei Wildpilzen spielt auch die Schwermetallbelastung eine Rolle. Schon bei einmaligem Verzehr einer großen Menge Wildpilze können die entsprechenden Grenzwerte überschritten werden, weshalb oft davon abgeraten wird, mehr als 250 g Wildpilze pro Woche zu essen. Für Mäuse sollten Wildpilze dementsprechend überhaupt nicht in Betracht gezogen werden - auch bei Schwermetallen gibt es keine Grenzwerte für Tiere. Zuchtpilze sind nur in sehr geringem Maße mit Schwermetallen belastet und gelten als für Menschen unbedenklich. Aber auch hier gilt: Es gibt keinerlei Grenzwerte für Nagetiere; was für uns unbedenklich ist, könnte einer Maus schaden.
Wildpilze sollten überhaupt nicht verfüttert werden. Zur Verträglichkeit von Speisepilzen gibt es keine gesicherten Erkenntnisse. Aufgrund des geringen Nährstoffgehaltes sind sie für eine ausgewogene Ernährung nicht notwendig, zudem eher schwer verdaulich. Wahrscheinlich schaden kleine Mengen den Mäusen nicht, aber die möglichen Risiken überwiegen den Nutzen, weshalb von einem Verfüttern eher abzuraten ist.