Keimfutter ist reich an Vitaminen und wird gerne von Mäusen genommen. Zudem entspricht diese Form der Frischfutterfütterung am ehesten den Gegebenheiten in der Natur.
Spezielle Körner zum Auskeimen kann man in Zoohandlungen oder Online-Shops bestellen. Oft kann man hierzu gleich passende Apparaturen (so genannte Keimfutterautomaten oder Keimgläser) kaufen, die dem Halter des Aufkeimen des Futters erleichtern sollen.

Als Keimfutter eignen sich Sojabohnen, Rübsen (sehr fettreich), Hirse, Weizen, Dari, Milo, Negersaat, Salatsamen, Kleesaat, Grassamen, Gerste, Kardisaat und Hafer.

Wer Keimfutter ohne Automaten ziehen will, braucht dazu nur:

• Ein Sieb (ca. 10cm Durchmesser)
• Ein dünnes Tuch
• Eine Schüssel, in die das Sieb passt

Das Sieb wird in die Schüssel gestellt, dann gibt man die Samen hinein. Die ersten sechs bis acht Stunden sollte das Keimfutter vollständig mit Wasser bedeckt sein, welches alle paar Stunden gewechselt wird. Die folgenden Tage sollte das Keimfutter alle zwei bis drei Stunden mit fließendem Wasser abgespült werden, aber nicht mehr feucht/nass bleiben (sonst schimmelt es).
Die Samen sind zum Verfüttern geeignet, wenn der größte Teil der Saat aufgekeimt ist und die Wurzeln 1-2 mm lang sind. Meistens ist dies nach 24-48 Stunden der Fall.

Keimfutter ist besonders geeignet für Farbmäuse, da sich durch den Keimvorgang der Fettgehalt der Saaten verringert und der Vitamingehalt zunimmt.

Wichtig: Bei der Gabe von Keimfutter ist die langsame Gewöhnung an (Frisch-)Futter zu beachten, da durch eine zu rasche Umstellung schwere Verdauungsprobleme mit Durchfällen hervorgerufen werden können. Es ist also nicht ratsam, den Tiere gleich eine ganze Schale Keimfutter zu geben, sondern ihnen in der ersten Zeit nur wenige frische Keime zu geben und die Menge langsam zu steigern.

Sollte Ihr Keimfutter säuerlich riechen oder von Schimmelpilzen bewachsen werden, darf es nicht mehr an die Mäuse verfüttert werden. Entsorgen Sie dieses Futter und spülen Sie das Sieb mit kochendem Wasser ab, damit sich beim nächsten Ansetzen von Keimfutter nicht sofort neuer Schimmel einschleicht. Schimmelpilzsporen sind für das menschliche Auge nicht sichtbar und selbst wenn nur ein geringer Teil des Futters mit sichtbaren Schimmel überzogen ist, so könnte schon das gesamte Keimfutter mit Sporen übersät sein.
Keimfutter sollte zudem nach zwei bis drei Stunden vollkommen von den Tieren gefressen worden sein oder von Ihnen entsorgt werden, da es sehr schnell verderben kann.