Begleiterscheinungen bei neurologischen Ausfallerscheinungen sind unter anderem Kopfschiefhaltung, Lähmungen der Gliedmaßen, Krämpfe und Bewusstseinsstörungen sowie Koordinationsschwierigkeiten. Verantwortlich für die neurologischen Ausfallerscheinungen sind bei mongolischen Rennmäusen Erkrankungen des Gehirns, der Leber und Nieren, bakterielle Infektionen sowie Unfälle oder ein Hitzeschlag.

Mongolische Rennmäuse sind denkbar schlechte Kletterer. Es gibt einige neugierige Rennmäuse die sich trotzdem in luftige Höhe innerhalb des Geheges wagen. In der Regel klettern die Mäuse dann nicht mehr herunter, sondern lassen sich - ähnlich wie der Goldhamster- einfach fallen. Bei diesen Stürzen kann es zu schweren Verletzungen kommen. Es ist daher wichtig, die Stellen unter solchen begehrten Aussichtspunkten ausreichend zu sichern. Steine, Brücken oder Häuser sollten hier nicht platziert werden. Eine große Menge Streu, sowie ein Berg Heu schützen vor schweren Verletzungen. Leichte Gehirnerschütterungen zeigen sich vor allem durch Gleichgewichtsstörungen und eine leichte Kopfschiefhaltung. Ist es bei dem Sturz zu Brüchen innerhalb des Schädels gekommen, bluten die Tiere oft aus Mund und Nase und stehen unter einem lebensbedrohlichen Schock, sodass zum Teil auch die Atmung beeinträchtigt ist. Findet man sein Tier so vor, muss sofort ein Tierarzt aufgesucht werden. In der Transportbox sollten die Tiere mit erhöhtem Kopf gelagert werden. Sollte ein Trauma nicht bekannt sein, liegt die Ursache einer Kopfschiefhaltung oft an einer Entzündung der Ohren. Auch hier ist der Gang zum Tierarzt notwendig. Entzündungen der Ohren sind sehr schmerzhaft und heilen ohne medikamentöse Behandlung nicht aus.

Epilepsie tritt bei Mongolischen Rennmäusen in der Vergangenheit vermehrt auf. Es handelt sich hierbei um eine Erbkrankheit. Sie tritt bei Rennmaus Jungtieren im Alter von zwei bis drei Monaten auf. Epilepsie äußert sich bei Mongolischen Rennmäusen ähnlich wie bei Menschen mit plötzlich einsetzenden Bewusstseinsstörungen sowie Muskelkrämpfen. So plötzlich wie der Anfall einsetzt, hört er auch wieder auf. Mongolische Rennmäuse erholen sich von diesem Anfall sehr schnell. Die Ursache für epileptische Anfälle sind Stressfaktoren wie z.B. Rangordnungskämpfe, Veränderungen der Umgebung oder Vergesellschaftungen. Um epileptische Anfälle zu verhindern ist es notwendig die Tiere in ruhiger Umgebung zu halten und sie so wenig wie möglich zu stressen. Das erkrankte Tiere nicht zur Zucht eingesetzt werden dürfen sollte selbstverständlich sein.

Hohe sommerliche Temperaturen stellen für die meisten Heimtiere immer eine große Gefahr dar. Rennmäuse besitzen ähnlich wie andere Nagetiere keine Schweißdrüsen und können aus diesem Grund nicht schwitzen. Mongolische Rennmäuse genießen im Sommer zwar gerne für eine kurze Zeit ein Sonnenbad, allerdings ist Sonne im Übermaß ein klares Todesurteil für Mongolische Rennmäuse. Es ist daher wichtig das Rennmausgehege niemals direkter Sonneneinstrahlung auszusetzen. Zudem ist darauf zu achten eine ausreichende Luftzirkulation bei hohen Temperaturen zu gewährleisten. Der drohende Hitzeschlag äußert sich durch unruhiges Umherlaufen, die Tiere suchen Ausweichmöglichkeiten und kühle Plätze. Ebenfalls Anzeichen sind eine erhöhte Herzfrequenz, apathisches Verhalten, Koordinationsstörungen, Krämpfe und zuletzt fallen die Tiere in einen Schockzustand. Eine Therapie bei Tieren die sich bereits im Schockzustand befinden ist selten erfolgreich. Im Hochsommer sollten daher immer Möglichkeiten zur Kühlung angeboten werden wie zum Beispiel kühle Steine, viel wasserhaltiges Frischfutter oder Kühlaggregate die natürlich vor dem Annagen geschützt werden müssen.